Dort, wo die Katharinenkirche zu Sehlis heute steht, gab es um 1100 eine kleine Holzkirche.

Um 1200 wurde sie durch eine Steinkirche mit halbkeisförmiger Apsis ersetzt und 1250 entstand daraus die heutige Kirche aus Feldsteinen mit rechtwinkligem Schiff und Chor, die beide durch einen Rundbogen getrennt sind, einem breiten Turm, dessen Mauern 115 cm dick sind, und einer flachen Decke.

Rund um die schlichte Steinkirche befindet sich der Friedhof, der heute eingefriedet ist und auf dem viele verwitterte Grabmale zu sehen sind.

Etwa 1400 wird die Sakristei an das Kirchlein angebaut, deren spätgotische Holztür noch heute ihren Dienst tut.

Seit der Einführung der Reformation um 1539 in Sehlis galt die Katharinenkirche als Tochterkirche von Dewitz und wurde vom dortigen Pfarrer mit betreut.

Einige Jahrhunderte untersteht die Sehliser Kirche dem regierenden Fürsten. Patron ist die Stadt Leipzig, Sehlis wird Fürstendorf genannt.

Aus dem Jahre 1665 datiert das älteste noch vorhandene Kirchenbuch von Sehlis.

1718 bekommt die Kirche einen neuen Altar - ein Barockwerk mit gekröpften jonischen Säulen, Wolkenglorie im abgebrochenen Giebel und großem plastischem Kruzifix als Altarbild.

1795 wird der Glockenstuhl erneuert. Er trug eine große 86 cm im Durchmesser messende Bronzeglocke von ca. 1430 mit der Inschrift: "Locke, schütze, leite uns, Maria, zum fleischgewordenen Wort", eine mittlere Bronzeglocke mit einem Durchmesser von 71 cm von ca. 1530 ohne Glockenzier und eine kleine Bronzeglocke.
Die kleinste Glocke wurde im 2. Weltkrieg eingeschmolzen, aber die beiden großen erklingen nach wie vor immer Samstagabend um 18 Uhr, zum Gottesdienst und zum Jahreswechsel. Sie sind an geraden Holzjochen befestigt und ihre Klöppel schwingen - nur durch Lederriemen gehalten - in den Glocken. Darüber hinaus werden sie - wie vor Hunderten von Jahren - von Hand zum Klingen gebracht.

1810 wird die Sakristei neu gedielt, größere Fenster eingebrochen und mit Eisengittern versehen sowie die Orgel erneuert.

1835 entsteht ein neuer Eingang an der Abendseite im Turm, der bisherige Eingang an der Nordseite wird zugemauert, Altar und Weibersitze werden verbessert, große Fenster in das Schiff gebrochen, der Kieselfußboden, wie er heute noch in der Sakristei zu sehen ist, wird durch eine Ziegelflachschicht ersetzt. Die Kosten für diesen Umbau betragen 550 Taler.

1875 erhält die Kirche eine neue Orgel von Meister Schrickel aus Eilenburg für 252 Taler. 1886 wird der Kirchturm zum Erntedankfest erneuert.